2025 年から東京大学理学部物理学科・大学院理学系研究科物理学専攻において研究室を主宰しています。 学部・大学院において、 「生物物理学」や「計算物理学」などの講義や理論演習等を担当します。 また、 他大学での集中講義や GENESIS Users’ Group において分子動力学ソフトウェア GENESIS を用いた分子動力学の創薬や生命・材料科学等への応用について議論しています。
2026 年は、 初年次ゼミナール（S セメスター：１年生：駒場キャンパス）と生物物理学（A セメスター：３年生：本郷キャンパス）を担当します。 講義の資料等は、 UTokyo Slack または UTOL で提供します。
東京大学理学部物理学科 ４ 年生は、 「特別実験」あるいは「理論演習」を物理学科の研究室において行います。 S セメスター（4 月から 7 月）と A セメスター（10 月から 1 月）では、 それぞれ別の研究室に配属されることになっています。 杉田研では「計算生物物理学」に関する「理論演習」を担当しています。 研究室での活動内容を確認したい学生は、 各自教員に連絡をとってください。
計算生物物理学は、 物理学、 化学、 情報科学、 そして生命科学の境界領域にある分野です。 そのため、 実際に研究を始める前に複数の研究分野の基礎知識が必要になります。 この理論演習で行う教科書・論文の輪読や計算機演習を通して、 計算生物物理学の最先端の研究を行うための基盤を作ります。 計算機実習では、 GENESIS のチュートリアルを用いた分子動力学の実習や、 機械学習に関する実習を行います。 Linux や可視化（VMD など）についても紹介します。
これまで国内の多くの国立・私立大学において分子動力学計算に関する集中講義を行ってきました。 2026 年度は、 学習院大学・大学院において「生物物理学」の集中講義を担当します。
GENESIS は理研を中心に開発された分子動力学ソフトウェアで、 生命科学や創薬、 材料科学や物質開発まで様々な用途に使われています。 LGPL v3 ライセンスのフリーソフトウェアであるため、 大学や研究機関などのアカデミアだけでなく、 民間企業等でも自由に利用することができます。 GENESIS Users’ Group では開発者と利用者が直接議論できる場を提供し、 目的志向での GENESIS の機能開発とユーザー拡大・利用拡大を促進することを目的とします。 年間 ３ 回程度のミーティングがオンライン・オンサイトで行われています。