メンバー
ウガルテ ラ トレ ディエゴ
学歴
| 2005 | ペルー・カジェタノ・エレディア大学理学・哲学部化学専攻 卒業 |
| 2015 | ペルー・カトリカ大学大学院物理学専攻 修士課程修了（修士（理学）） |
| 2021 | 京都大学大学院理学研究科生物科学専攻 博士課程修了（博士（理学）） |
職歴
| 2020 – 2021 | 京都大学 教務補佐員 |
| 2021 – 2021 | 理化学研究所 計算科学研究センター リサーチ・アソシエイト |
| 2021 – 2026 | 理化学研究所 計算科学研究センター 特別研究員 |
| 2026 – 現在 | 理化学研究所 計算科学研究センター 客員研究員 |
| 2026 – 現在 | 東京大学 助教 |
所属学会
- 日本生物物理学会
- 日本蛋白質科学会
- 分子シミュレーション研究会
- 米国化学会
- ペルー日本学術協会
出版物
S. Shibata, M. Y. Wang, T. Imasaki, H. Shigematsu, D. Ugarte La Torre, Y. Wei, C. Jobichen, H. Hagio, J. Sivaraman, Y. Sugita, S. A. Endow, R. Nitta, “Structural analysis of a motor with increased mechanical output reveals new transitions in kinesin microtubule motility” Scientific Reports 2026, 16. DOI: 10.1038/s41598-025-28573-7
D. Ugarte La Tore, Y. Sugita, “CGBack: Diffusion model for backmapping large-scale and complex coarse-grained molecular systems” Journal of chemical information and modeling 2025, 65, 9974-9986. DOI: 10.1021/acs.jcim.5c01281
D. Ugarte La Torre, J. Jung, Y. Sugita, “Scaling molecular dynamics for large-scale simulation of biological systems on AMD CPU/GPU supercomputers: Lessons from LUMI” Proceedings of the International Conference on High Performance Computing in Asia-Pacific Region 2025, 1-12. DOI: 10.1145/3712031.3712036
J. Jung, K. Yagi, C. Tan, H. Oshima, T. Mori, I. Yu, Y. Matsunaga, C. Kobayashi, S. Ito, D. Ugarte La Torre, S. Sugita, “GENESIS 2.1: High-Performance Molecular Dynamics Software for Enhanced Sampling and Free-Energy Calculations for Atomistic, Coarse-Grained, and Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Models” The Journal of Physical Chemistry B 2024, 128, 6028-6048. DOI: 10.1021/acs.jpcb.4c02096
D. Ugarte La Torre, S. Takada, Y. Sugita, “Extension of the iSoLF implicit-solvent coarse-grained model for multicomponent lipid bilayers” The Journal of Chemical Physics 2023, 159, 075101. DOI: 10.1063/5.0160417
C. Tan, J. Jung, C. Kobayashi, D. Ugarte La Torre, S. Takada, Y. Sugita, “Implementation of residue-level coarse-grained models in GENESIS for large-scale molecular dynamics simulations” PLOS Computational Biology 2022, 18, e1009578. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009578
D. Ugarte La Torre, S. Takada, “Modeling lipid–protein interactions for coarse-grained lipid and Cα protein models” The Journal of Chemical Physics 2021, 155, 155101. DOI: 10.1063/5.0057278
R. Sakata, K. Niwa, D. Ugarte La Torre, C. Gu, E. Tahara, S. Takada, T. Nishiyama, “Opening of cohesin’s SMC ring is essential for timely DNA replication and DNA loop formation” Cell Reports 2021, 35, 108999. DOI: 10.1016/j.celrep.2021.108999
D. Ugarte La Torre, S. Takada, “Coarse-grained implicit solvent lipid force field with a compatible resolution to the Cα protein representation” The Journal of Chemical Physics 2020, 153, 205101. DOI: 10.1063/5.0026342
