メンバー
伊東 真吾
学歴
| 2011年 | 名古屋大学 理学部 物理学科 卒業 |
| 2013年 | 名古屋大学 大学院理学研究科 物質理学専攻（物理系）修士課程 修了 |
| 2016年 | 名古屋大学 大学院理学研究科 物質理学専攻（物理系）博士課程 修了 |
職歴
| 2016年 | 名古屋大学 大学院理学研究科 博士研究員 |
| 2018年 | ボストン大学 化学科 博士研究員 |
| 2019年 | 理化学研究所 杉田理論分子科学研究室 特別研究員 |
| 2024年 | 理化学研究所 粒子系生物物理チーム 研究員（現在に至る） |
所属学会
- 日本生物物理学会、日本蛋白質科学会、分子シミュレーション学会、Biophysical Society
研究テーマ
- 分子動力学法による酵素反応機構の解明
- 自由エネルギー計算手法の開発
- 分子動力学パッケージの改良および開発
出版物
S. Ito, C. Kobayashi, K. Yagi, and Y. Sugita, “Toward understanding whole enzymatic reaction cycles using multi-scale molecular simulations” Curr. Opin. Struct. Biol. 2025, 95, 103153. DOI
J. Jung, K. Yagi, C. Tan, H. Oshima, T. Mori, I. Yu, Y. Matsunaga, C. Kobayashi, S. Ito, D. Ugarte La Torre, and Y. Sugita, “GENESIS 2.1: High-Performance Molecular Dynamics Software for Enhanced Sampling and Free-Energy Calculations for Atomistic, Coarse-Grained, and Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Models” J. Phys. Chem. B 2024, 128, 6028-6048. DOI
S. Ito, and Y. Sugita, “Free-energy landscapes of transmembrane homodimers by bias-exchange adaptively biased molecular dynamics” Biophys. Chem. 2024, 307, 107190. DOI
S. Ito, K. Yagi, and Y. Sugita, “Allosteric regulation of β-reaction stage I in tryptophan synthase upon the α-ligand binding” J. Chem. Phys. 2023, 158, 115101. DOI
Y. Matsunaga, M. Kamiya, H. Oshima, J. Jung, S. Ito, and Y. Sugita, “Use of multistate Bennett acceptance ratio method for free-energy calculations from enhanced sampling and free-energy perturbation” Biophys. Rev. 2022, 14, 1503-1512. DOI
S. Ito, K. Yagi, and Y. Sugita, “Computational Analysis on the Allostery of Tryptophan Synthase: Relationship between α/β-Ligand Binding and Distal Domain Closure” J. Phys. Chem. B 2022, 126, 3300-3308. DOI
N. Ousaka, S. Yamamoto, H. Iida, T. Iwata, S. Ito, Y. Hijikata, S. Irle, and E. Yashima, “Encapsulation of Aromatic Guests in the Bisporphyrin Cavity of a Double-Stranded Spiroborate Helicate: Thermodynamic and Kinetic Studies and the Encapsulation Mechanism” J. Org. Chem. 2021, 86, 10501. DOI
K. Yagi, S. Ito, and Y. Sugita, “Exploring the minimum-energy pathways and free-energy profiles of enzymatic reactions with QM/MM calculations” J. Phys. Chem. B 2021, 125, 4701-4713. DOI
S. Ito, and Q. Cui, “Multi-level free energy simulation with a staged transformation approach” J. Chem. Phys. 2020, 153, 044115. DOI
N. Ousaka, S. Yamamoto, H. Iida, T. Iwata, S. Ito, Y. Hijikata, S. Irle, and E. Yashima, “Water-mediated deracemization of a bisporphyrin helicate assisted by diastereoselective encapsulation of chiral guests” Nat. Commun. 2019, 10, 1457. DOI
S. Ito, Y. Wang, Y. Okamoto, and S. Irle, “Quantum chemical replica-exchange umbrella sampling molecular dynamics simulations reveal the formation mechanism of iron phthalocyanine from iron and phthalonitrile” J. Chem. Phys. 2018, 149, 07233. DOI
S. Ito, D. G. Fedorov, Y. Okamoto, and S. Irle, “Implementation of replica-exchange umbrella sampling in GAMESS” Comput. Phys. Commun. 2018, 228, 152-162. DOI
S. Ito, S. Irle, and Y. Okamoto, “Implementation of replica-exchange umbrella sampling in the DFTB+ semiempirical quantum chemistry package” Compt. Phys. Commun. 2016, 204, 1-10. DOI
X. Lu, D. Fang, S. Ito, Y. Okamoto, V. Ovchinnikov, and Q. Cui, “QM/MM free energy simulations: Recent progress and challenges” Mol. Simul. 2016, 42, 1056-1078. DOI
